Традиционные способы - это очистка корпуса в доке, либо привлечение для этих работ водолазов. 

В конце "десятых" - начале "двадцатых" годов в мире распространилась практика использования телеуправляемых подводных роботов для очистки подводной и надводной частей корпуса судна. Роботы могут самостоятельно или в режиме дистанционного управления перемещаются по обшивке судна, очищая ее тем или иным способом. Робота подводят к корпусу с борта вспомогательного судна, он закрепляется на поверхности и ведет ее очистку тем или иным способом (можно говорить о разной степени экологичности такой очистки). 

Новости 

2023.11 Робота для очистки корпуса судов от водорослей и микроорганизмов разработали в СПбГМТУ. В России операции по очистке наружной поверхности корпуса судна обычно производят либо в доках, либо с привлечением водолазов. Оба способа - сравнительно дорогие. В СПбГМТУ утверждают, что российская разработка, в отличие от зарубежных, позволяет проводить работы по очистке надводной и подводной части корпуса судна прямо на рейде. / telegram 

2020.10 В Институте автоматики и процессов управления ДВО РАН (ИАПУ ДВО РАН) было предложено использовать энергию лазера для очистки корпусов судов от биологического обрастания непосредственно в морской среде без докования. Лазерная очистка корпусов морских судов. .pdf